当北伐战争步步胜利的时候，蒋介石在上海发动了“四一二”反革命政变，张作霖在北京杀害了李大钊。随之，冯玉祥投靠蒋介石，联合通电反共，冯部共产党员被“礼送出境”。对此，邓宝珊痛心疾首，离开部队时只带葛霁云和数名亲信，去上海“休养”。在上海，邓宝珊结识了周恩来和被蒋介石通缉的国民党左派领袖邓演达，从而更加坚定了他反独裁求民主的信念。
 
　　1930年5月，蒋、冯、阎中原大战爆发，邓宝珊接受冯玉祥的邀请，赴河南说服樊钟秀助冯反蒋。樊钟秀被蒋介石飞机炸死后，邓宝珊接任第八方面军总司令。冯、阎讨蒋失败，邓宝珊再次辗转到上海“蛰居”。
 
　　1932年3月，应杨虎城之邀，邓宝珊出任西安绥晋公署驻甘行署主任，于甘肃省主席邵力子合作，整顿甘肃军政秩序。邵力子离任后，邓宝珊代理甘肃省政府主席。1934年驻甘行署撤销，邓宝珊任陆军新编第一军军长。