由于靖国军内部产生分歧，加之张义安作战牺牲，部队陷入困境。孙中山委派于右任从上海抵达三原老家，整编部队，就任总司令，邓宝珊任第四路军胡景翼部团长。孙中山电令西南诸省靖国军出兵援陕。图为云南靖国军第八军军长叶荃与邓宝珊(右)相见时合影。

　　邓宝珊回到天水不久，便去陕西关中寻找革命同志。1914年夏秋之季，聚集在陕西的资产阶级革命派人士，激于大义，相互结纳到华山脚下玉泉院，以“讲学”为名，共商讨袁大计，  史称“华山聚义”。主要成员有：陕西郭希仁、井勿幕、胡景翼、张义安、董振武、高世英、刘守中、史宗法、刘霭如、岳维峻，山西续桐溪、李岐山、续范亭，福建何遂，河北孙岳，甘肃邓宝珊等。此后，革命党人以陕西三原为中心，开展武装斗争。袁世凯称帝，陕西讨袁护国军成立，胡景翼任第一旅二团团长，邓宝珊任该团“十大连”中之第七连连长。1917年9月，孙中山在广州成立护法军政府，陕西革命党人起而响应。1918年1月，邓宝珊同张义安、董振武发动三原起义，加入陕西靖国军，参加了孙中山先生领导的护法运动，邓宝珊任前敌总指挥。孙中山曾致信邓宝珊，“藉问劳苦，  并以为勖”，鼓励他“坚持初志，百折不挠”。