抗战军兴，红军改编为国民政府革命军第八路军。八路军在兰州设立了办事处，此时邓将军尚在兰州，他与中国共产党驻甘代表谢觉哉等同志来往甚密，多次长谈，支持办事处的工作，谢老事后曾说“邓宝珊是甘肃军政界最有思想、有远大眼光的人"。后邓将军被国民党政府任命为第二十一军军团长，赴榆林就任，后改任为晋陕绥边区总司令。他到任后，不仅注意团结各方面的军事、政治力量共同抗日，而且十分关注民族团结。位于伊克昭盟伊金霍洛的成吉思汗陵在他的防区之内，日寇占领归绥(今呼和浩特市)后企图将成陵迁走。邓将军闻讯立即报请国民政府，建议将成陵内迁。1 939年6月成陵迁到兰州附近的兴隆山。这件事对安定各民族人民团结抗日的决心，粉碎日伪阴谋，起到积极作用。抗战期间，邓将军对蒋介石消极抗日、积极反共的居心和行为不满，衷心拥护中国共产党领导的抗日民族统一战线政策，与陕甘宁边区友好相处，协力抗日。他指示所属部队必须“维护边区到榆林的交通安全，保护往来人员和物质的顺利出入。”中共中央通过函电往来，并先后派刘澜涛、王震、南汉宸、袁任远等同志多次前往榆林，与邓将军保持联系。在国民党反动派多次发动反共高潮、封锁边区、制造摩擦的时候，邓将军坚持以团结抗日为重，和我陕甘宁边区保持了睦邻友好关系。1943年6月，蒋介石电令邓宝珊绕道宁夏赴重庆开会，他却故意经过延安，留住四十多天。1943年9月，蒋介石在重庆单独接见他时，他犯颜直谏说：“我愿把领袖(指蒋)拥护成华盛顿，不愿把领袖拥护成拿破仑。”蒋内心震怒，但未予发作。于右任先生知此事后，埋怨邓：“你说话不要人头了?!”但转而称赞他敢于直言。在他多次去延安时，均受到毛主席、周副主席、朱总司令和贺龙、林伯渠等领导同志的亲切接待。他还应邀以来宾身份参加了边区劳动模范大会并在大会上讲话说：“我是大家的朋友。”续范亭同志曾给他赋诗：“三十年来土与尘，欣君五十刃尚新。半生革命总同路，一生交情有几人。”毛主席多次给他亲笔致信，在1944年12月22日的一封信中说：“去年时局转换，先生尽了大力，我们不会忘记。八年抗战，先生支撑北线，保护边区，为德之大，更不敢忘。”对邓将军给予了很高的评价。

　　抗战胜利后，邓将军对蒋介石发动内战极端不满。1 9 4 6年4月初在重庆的一次军事会议上，他曾向蒋当面陈述忠言：  “人心厌战”，  “经过八年抗战，  民穷财竭，国力空虚。打的话，经济上会崩溃”。在那样的场合，说这些话是冒了很大的风险的。1 9 4 8年底平津战役期间，他被傅作义将军用专机接到北平，作为傅的全权代表，和人民解放军平津前线司令部商谈和平解决北平问题，邓将军不惜冒生命危险，几次穿越火线，最后终于达成协议，促成了举世闻名的北平和平解放。当时北平的《新民报》报道这一消息时说：  “他是一把钥匙，傅先生这个锁，只有他可以打开。”时在北平做地下工作的崔月犁同志事后著文说：  “邓宝珊先生对促成傅作义起义是起了重要作用的。”北平和平解放的意义，不仅在它保护了千年古都及200万黎民的生命安全，以及众多宝贵文物古迹免遭破坏；还在于为未获解放地区的国民党军队创立了和平解放的方式。1 9 4 9年2月2 2日，应中共中央之邀傅作义和邓宝珊将军前往河北省平山县西柏坡会见毛主席和中央其他领导同志。毛主席肯定了他们为保护北平这座历史文化名城所做的杰出贡献。周恩来风趣地说：“邓先生，我们是长期合作的老朋友，现在你回到‘娘家’了。”这使邓将军十分感动。同年8月，傅作义、邓宝珊又受毛主席委托，同乘专列到绥远协助解决绥远和平解放问题。斯时绥远的国民党部队的起义问题即将酝酿成熟，但国民党反动派却极力进行破坏，已逃往广州的的行政院长阎锡山派国防部长徐永昌、空军司令王叔铭前往绥远，企图阻止起义。傅、邓的到达有效地防止了他们的破坏，协助董其武将军实现了绥远的和平解放。董其武同志事后对邓将军的子女说；“是你父亲将我拉过河的。”其间，邓将军还促成宁夏马鸿宾部队的起义。他的这一系列卓有成效的工作，受到了各方面的好评。为表彰邓将军在人民解放事业中作出的突出贡献，1 9 5 5年他和傅作义将军等，被毛主席授予一级解放勋章。

　　中华人民共和国成立后，邓宝珊历任中国人民政治协商会议第一界全体会议代表、全国委员会的委员，政协第三、四届全国委员会常务委员，第一、二、三届全国人民代表大会代表，国防委员会委员，中国国民党革命委员会中央委员会副主席，甘肃省人民政府主席、省长等职。他长期主持甘肃省人民政府的工作直到逝世。在工作中，他非常注重调查研究，深入基层，接近群众，体察民情，倾听群众意见。他的足迹遍及全省7 O多个县、市。有些边远贫困地区，车辆不能通行，他不顾年事已高和患有高血压症，坚持步行前往。他生活上一贯朴素节俭，在下基层和公务活动中，从不给下面增加负担。他对全省的农村工作特别是粮食生产非常关心，对发展农业、畜牧业、兴修水利、植树造林等项工作，不但经常提出新的设想，而且常到现场进行具体指导。他积极促进甘肃工业的发展，许多大项目，诸如天兰铁路、白银公司、刘家峡水电站、金川公司、酒泉钢铁公司的开工上马，他都极为关心，大力支持，并多次亲临指导。他认为要改变甘肃的落后面貌，必须首先普及教育，大力培养各种人才，因此非常重视文化教育事业，关心大中小学的建设和知识分子的工作、生活，他结交了国内外许多高级知识分子挚友。对全省著名文物古迹的维修、保护以及省博物馆的筹建，他都积极倡导，大力支持。因为他熟悉省情，深知甘肃多民族地区的特点，十分重视民族、宗教和统战工作，注意团结民族宗教界上层人士，时时处处讲大局，讲协调，不断做化解矛盾、增强团结的工作，取得了显著的成绩。他在工作中，认真贯彻执行党中央、国务院的方针政策，又注意从甘肃的实际出发。他尊重中共甘肃省委的领导，和历届省委领导都相处融洽，工作协调。他也敢于实事求是地直陈己见，如1958年出现浮夸风时，他就曾提过实事求是的意见。他的工作，得到甘肃人民的拥护和信任，是人民称道的好省长。

　　邓宝珊将军热爱祖国、拥护共产党、拥护社会主义制度。他曾说过：“我是甲午战争那一年出生的，可以说是生于忧患，也是饱经忧患，现在我能够亲眼看到新中国屹立于世界，这是我一生最大的欣慰和自豪。”所以，他时刻关心祖国的统一，始终怀念台湾的故旧，他多次给在台故旧写信及撰写对台广播稿，敦促故旧和台湾军政当局以民族大义为重，捐弃前嫌，共商国是，及早完成祖国统一大业。