农村饮水安全工程点多、面广、分散，管理难度大。为规范工程运行管理，提高管理水平，省政府制定印发了《甘肃省农村饮水安全工程运行管理试行办法》，明确了饮水安全工程管理体制、运行机制、水源水质管理、供水管理、水价核定、水费计收和管理等方面的政策规定，为保障饮水安全工程良性运行奠定了基础条件。省水利厅在加快农村饮水安全工程建设的同时，从一开始的规划设计，便配备相关管理站、管理设施，为工程建后管理创造了必要条件。工程建成后，每个工程都成立了专门的管理机构，落实了管理人员。对于规模较大的集中供水工程，还实行信息化管理、自动化控制，确保工程安全运行。

    我省还大力推进集中供水工程水费管理，按成本核定水价，计量收费，对于供水成本过高的工程，由当地政府落实水价补贴。目前各县区基本落实了农村饮水安全工程享受农业排灌电价的优惠政策，61个县区落实了饮水安全工程占用土地优惠政策，56个县区落实了饮水安全工程税费优惠政策。为提高管理水平和服务质量，我省积极推进工程管护维修队伍建设，确保工程哪里出现险情，哪里就有抢修车辆和人员按时到达。同时还全面推进县级工程维修养护基金建立，目前有34个县区建立了养护基金，基金总额达947万元，确保了工程正常维修和长效运行。