财政部、环保部曾将甘肃列入2011-2013年农村环境连片整治示范省。甘肃省以此为契机，制定《甘肃省农村环境连片整治项目管理暂行办法》、签订了《农村环境连片整治目标责任书》，并将农村环境连片整治纳入省环保目标责任书进行考核。坚持以部省签署的连片整治协议为基础，选择“沿黄河流域、长江流域、内陆河流域、城乡一体化建设试点区域、新农村建设及生态移民点、旅游景区周边”作为示范区域。组织经济、项目管理、工程、机电、水处理、土壤、农业等相关专家，对市县编制的实施方案，实行“一对一、面对面”评审，提高方案可行性。

    在综合整治过程中，甘肃省按照“政府负责、环保牵头、部门配合”的方式，整合农业、水利、交通等部门项目资源，形成农村环境连片整治资源合力。同时，加大宣传力度，营造农村环保氛围，提高农民群众的环保意识和环境维权意识，对所有项目进行公示，充分尊重和保障农民群众的参与权、知情权和监督权。树立整镇、整村推进思路，对项目村进行整体设计，坚持以项目为纽带，统筹利用资源，通过农村环境连片整治，带动项目区房屋、道路、供排水、污水垃圾、绿化等综合配套基础设施建设，有效改善项目区农民群众生产生活环境。

    省上还制定了《甘肃省农村环境连片整治项目资金管理办法》，建立健全各项财务管理制度，坚持专人负责、专账核算和专款专用，严格实行县级财政报账制。加大监督检查力度，先后10次分8个组分片对项目实施情况、设施设备运行管护情况、运行经费筹措等进行督查，加强项目管理，提高资金使用效益。探索建立省、市、县、乡、村五级连片整治的工作体制和机制，督促各县区加强乡镇环保机构队伍建设，落实设施运行经费，推动农村环境执法监督、巩固农村环境综合整治效果。