办法规定，违规收费行为按三类予以界定和区分：恶意违规、成本性违规及项目性违规收费，超过规定限额标准的费用均由收治医疗机构承担，并在新农合基金报销额中扣减超额部分费用3%至5%。定点医疗机构要严格控制住院患者自付费用比例，乡镇卫生院自费药品费用比例控制在5%以内，市、县定点医疗机构控制在10%以内，省级定点医疗机构控制在15%以内。同时，各级定点医疗机构需严把住院指征关，不得随意放宽入院标准，患者以同一疾病二次入院治疗需间隔15天以上。村卫生室违规输液、开大处方或另收注射针管等费用的，按违规行为总费用的5倍予以扣减。此外，对巧立名目乱收费、过度医疗、伪造医疗文书及报销凭证套取新农合基金等行为，情节严重的除扣减相应费用外，还将暂停或取消医疗机构定点资格，追究医疗机构主要负责人责任，构成犯罪的，移交司法部门处理。

    办法明确，各定点医疗机构不得推诿病人和随意转诊，更不得要求未治愈的病人出院。对未严格执行分级诊疗制度，查实有推诿或转诊分级诊疗病人的，乡镇卫生院每例扣减300元，县级医院每例扣减1000元。对查实接诊属于下级医疗机构诊治的病种，且未落实审查转诊手续和告知义务的，省、市级定点医疗机构每例扣减3000元，县级定点医疗机构每例扣减1000元。扣减资金统一归入新农合资金专户，集中管理，专款专用。