发布会现场有媒体记者就科研体制中出现的问题提问，万钢直言记者说得很“客气”，同时披露“有更严重的问题”，一案为环保领域某专家涉嫌违法违纪，另一案件则是国内一个“重要省份的科技厅厅长”涉嫌违纪正在被查处。

　　对此，万钢表达他的心情是“愤怒、痛心、错愕”。“愤怒”是因为科研经费“用的是纳税人的钱”，他强调对此行为绝不容忍；“错愕”则因为科技管理部门对于科技经费项目监管力度不小，比如拓宽项目推荐渠道，进行痕迹管理以保证追溯过程不留漏洞，加快拨款速度，加强项目经费预算的评审等，“为什么还出现这些问题？为什么大家不满意？我一直在思考。”

　　万钢思考的答案是，以往对于出现的问题往往采取的措施是进一步“加强管理”，但是科技人员和管理人员其实“坐在一条船上，必须共同摇桨”，所以需要加大科技人员本身的能动性，加强透明度。

　　他举例，在科研项目立项上，分散面向全国各行各业各地方会，但与此同时也要避免重复，这就需要信息透明。他表示，科技部自身也在着力建设一个透明且“各部门在一起”的科研信息部署机构，课题立项的内容、结题内容都会公开发布在官方网站上，“让同行业、相关企业看看”。此外，科技部还加强了经费巡视制度，建章立制，。他强调，在调整过程中，需要强调法人的作用。“无论是科技人员，还是管理人员，都要自动接收监督，在不断监督中不断改进自己。”“目前我们有审计部门的监督，但更重要的是加强社会的监督。”

　　他还提出设想，以后的科研课题经费使用情况至少要在本课题或本单位内部公开，对于科研经费“竞争”中落选的单位要告知专家评审结果供其改进，同时调整经费比例，增加基础前沿方面稳定长期的支持。