1664年，刚刚降清的施琅就曾建议率兵“进攻澎湖，直捣台湾”，使“四海归一，边民无患”。几年后，他又上《边患宜靖疏》和《尽陈所见疏》，强调只有迅速讨平台湾才能使“民生得宁，边疆永安”。“当乘其(指台湾郑氏政权)民心未固、军情尚虚”时，进军澎湖、台湾，使“四海归一”。

　　施琅的主张提出后，康熙帝马上调他到北京面陈收复台湾大计。但当时的清政府面临“三藩之乱”，再加上八旗精锐不善海战，朝中不少大臣认为海峡“风涛莫测，必难致胜”，不主张武力平台。1664年前后施琅两次跨海征台未果，被康熙免去福建水师提督的职务，改授内大臣。在京期间，他一面继续上书征台，争取康熙帝的支持；一面广交朝中大臣，争取他们对统一台湾事业的理解和支持。在内大臣任上，施琅一等就是13年。

　　1681年，长期主政台湾的郑经去世。郑经死后诸子争位，郑氏家族内部矛盾激化。清政府也在这一年最后平定了“三藩之乱”，能够腾出手来考虑平台的问题。这是施琅复出的契机。康熙深知平台不是一件易事，早在康熙十七年他就要姚启圣等遴选福建水师提督，条件“非才略优长，谙练军事不可。”据此，姚启圣就力荐施琅。但此次重新起用施琅，却与施琅的同乡大学士李光地很有关系。

　　据《清史稿》所记，康熙曾先后两次就福建水师提督人选征求过李光地的意见。第一次李答以施琅“海上路熟，海上事他亦知得详细，海贼甚畏之”。第二次康熙就“命将”问题又一次征求他的意见，他认为“计量起来还是施琅”。理由是施琅是“海上世仇，其心可保。又熟悉海上情形，其人还有谋略，为海上所畏”。在李光地的力荐下，几乎没有经过太多周折，康熙便谕命施琅为福建水师提督，加太子少保。他赞扬施琅熟悉彼处地形、海寇情形，要“克期统领舟师进取澎湖、台湾”。并认为如果不派遣施琅去，“台湾所不能定”。

　　施琅离京赴任前，康熙又语重心长地说：“尔至地方当与文武各官同心协力，以靖海疆。海氛一日，则民生一日不宁。尔当相机进取，以副朕委任至意。”

　　在姚启圣和施琅的同乡大学士李光地的极力举荐下，康熙帝再次召见了已年届花甲的施琅。施琅再次向康熙帝详细阐述了如何训练水师、如何利用风向变化等具体方略。康熙听后十分满意，令其即赴前线，操练水师，待机进取台湾。

　　定战澎湖，统一台湾

　　康熙二十二年六月十四日(1683年7月8日)，施琅率领水兵2万余人，大型战船300余艘，中小战船230余艘，从福建铜山(今东山)海域扬帆起程，一路乘风破浪，锋芒直指台湾的战略前哨澎湖列岛。

　　施琅把平台的首选目标定在澎湖是有其原因的。台湾本岛地域狭窄，缺乏战略纵深，澎湖就成为其外围防御的惟一屏障。台军主帅刘国轩也认识到了这一点，将台军主力悉数摆在澎湖，并建立了坚固的防御工事，还在妈宫、风木匝尾、西屿头、牛心湾等要冲地点加筑炮城14座，沿海筑造高墙深沟20余里，安设铳炮，准备与清军决战。面对台军的严防死守，施琅采取了灵活的作战方针，将清军分为三路，以左右两翼牵制敌人，主力居中直捣敌阵船队。

　　7月9日，清军到达澎湖八罩岛(今望安岛)，并停泊于此。从10日起，清军向澎湖岛台军发起攻击。清水军迅速利用有利的西南风向条件，使用“五点梅花阵”，用多艘战船围攻台军一艘，集中兵力作战。“炮火矢石交攻，犹如雨点，烟焰蔽天，咫尺莫辨。”清先锋蓝理率7船冲入台军中，共击沉、焚毁郑氏船只14艘，焚杀郑氏官兵2000余人。这时的刘国轩却缺乏主动进攻精神，把胜利希望完全寄托在飓风上，因而几次坐失了主动出击的良机。

　　澎湖一战，清军先后焚毁、击沉和俘获台军大小船只近200艘，杀死台军将领、头目300余名，士兵12000余名，另有165员将领和4800名士兵倒戈投降。刘国轩只是仰仗地形熟悉，才从水浅礁险的吼门岛屿趋水涨风顺之时，带领31艘小船逃回台湾。此役，清军阵亡官兵329人，负伤1800余人，船只毫无损失。

　　施琅一战定澎湖，歼灭了台军精锐部队，打开了台湾岛的门户，郑氏败局已定，岛内人心大震。施琅获胜后并不急于继续进攻，而是在澎湖“抚绥地方，人民乐业，鸡犬不惊”，甚至派人捞救跳水未死的台军官兵，使得台湾、澎湖军民“莫不感泣，愿内向”。与此同时，施琅建议朝廷“颁赦招抚”郑氏，以争取和平统一台湾，使台湾百姓免去刀兵之灾。康熙帝也同意施琅的招抚政策。郑克塽、刘国轩见施琅“无屠戮意”，也愿意归顺。

　　7月31日，郑克塽派人到澎湖施琅军前请降，要求仍居台湾，“承祀祖先，照管物业”。施琅拒绝了他们的条件。

　　8月13日，施琅率领舟师到达台湾，刘国轩等带领文武官员军前迎接，各乡社百姓亦沿途“壶浆迎师”，台湾终于实现了和平统一。9月17日，郑克塽等递送了正式的降书，并缴纳了延平王等册印。10月2日，施琅亲往台湾，接受了郑氏的归降。从1662年上书请求收复台湾，至1683年统一台湾，前后共计20余年。